La villa, visitabile solo esternamente, sorge sul piazzale dove si termina la via del Santuario, creando un prospetto molto scenografico. Costruita alla fine del XVI secolo dall’architetto Scamozzi, inizialmente era costituita solamente dall’edificio a meridione. La seconda ala della villa, più imponente e in posizione ortogonale rispetto a quella tardo cinquecentesca, venne aggiunta nel 1740.

Il piazzale con al centro la fontana in pietra, è delimitato sul lato del monte da una scalinata adornata con le statue delle Quattro Stagioni, opere dello scultore padovano Antonio Bonazza (1698-1763). La scenografica scalinata porta all’Esedra di S. Francesco Saverio, con la grotta-nicchia intitolata al santo che nel 1537 ha soggiornato nella città di Monselice. Attualmente la villa funge da sede distaccata dell’Università di Padova.